雲嘉南高屏5縣市首長2日一起舉行記者會，要求政府繼續編列6年600億治水特別預算。對此，行政院發言人鄭麗文2日回應，政府高度重視治水問題，但政府財政困窘，錢必須花在刀口上，行政院正在請各部會積極研議。鄭麗文說：『(原音)那麼大家也必須理解到現在國家財政困難，所以未來治水也要把錢花在刀口上，進行有效的編列，現在行政院正在請各相關部會積極研議當中。』
雖然之前已編列「8年800億」的預算治水，這次豪雨仍造成慘重災情，外界質疑龐大經費運用成效不佳，立法院預算中心報告更指出治水機關事權分散，欠缺統籌、協調，出現「先編預算再審計畫」的現象。鄭麗文表示，政府將在最短時間內針對治水方法和預算編列提出整體配套。
根據經濟部水利署執行易淹水地區水患治理計畫各縣市經費統計表，2006年到2013年，共編列了新台幣800億元，其中，台南市執行169億多元，佔整體經費的21%，是各縣市之冠；第二名為高雄市，執行101億多元，佔整體經費的10%；第三名為雲林縣，執行83億多元；再來為嘉義縣65億多元，以及屏東縣64億7千多萬。