恐激化遜尼派什葉派衝突
據紐約時報報導指出，不少外交官員及其他專家認為，美國的攻擊計畫未顧及連串可能後果，包括反美情緒高漲反鞏固阿塞德地位，以及區域衝突擴大，連以色列與土耳其等國也一併捲入等。
美國駐敘利亞和黎巴嫩前大使克羅克就說，美國最大問題在於無知，尤其是對敘利亞幾乎一無所知。
熟悉阿塞德的外交官員表示無法預測阿塞德對美國攻擊的反應，並質疑假如阿塞德再下令發動化武攻擊，或採取重大報復行動，美國又該如何應變。克羅克認為，美國一旦走上軍事行動這條路，就很難脫身並繼續維持政治威信。
對美國而言，最大挑戰在於如何痛懲阿塞德的化武攻擊，卻又不致造成敘國反抗軍被「開打」組織相關勢力把持，或導致敘國體制崩潰，又或者敘國盟友涉入致使戰事升高。懷疑論者擔心，美國根本沒有足夠情報來精確調整行動，原因在於美國正準備進入一場變化多端的區域衝突，除敘內戰外，伊朗與黎巴嫩的什葉派真主黨也正聯手對抗受到沙烏地阿拉伯及其他波灣國家支持的遜尼派「開打」相關組織。
以色列、土耳其恐捲入
伊朗和敘利亞國防部長都揚言，假如阿塞德身陷險境就要攻擊以色列，分析家也認為真主黨早就準備好攻擊計畫。此外，由什葉派領導的伊拉克政府也可能派遣數千名戰士前往協助阿塞德，刺激更多遜尼派聖戰士參戰。以色列已表態若再遭真主黨攻擊就會以武力回應，黎巴嫩將因此被捲入戰爭，若敘利亞發射飛彈攻擊以色列，而以國又穿越黎國領空回擊阿塞德，真主黨則有更多理由攻擊以色列。
美國飛彈攻擊也可能造成敘國平民死傷，阿塞德政府已把部分軍事基地設於人口稠密區，並打算用政治犯及其他囚犯充當人肉盾牌，敘國可反過來指控美國殺人，而敘國的人道救援危機也會繼續惡化。