其中，基隆市為一級淹水警戒，宜蘭縣、高雄市、台南市為二級淹水警戒。
水利署表示，康芮颱風儘管屬輕度颱風，但根據氣象局的雨量資料，1小時超過100毫米的雨量，就高達24個測站，集中於雲林、屏東、嘉義、台南、彰化、高雄等 6縣市，因此短時間的強降雨為造成淹水災害的主要原因。
水利署今天彙整相關災情資料後發現，與以往幾次颱風災害相比，許多已治理的地區已初步顯露成效，以台南市為例，99年9月18日凡納比颱風淹水面積約5000公頃；這次康芮颱風淹水面積約1800公頃，淹水情形已有改善。
包括安南區、永康區、仁德區(保安工業區)等處，這次皆無淹水災情傳出。
水利署指出，以往颱風豪雨屢傳淹水災情的雲林台西、口湖及嘉義東石、布袋等沿海低窪地區，也無重大淹水災情傳出。
水利署表示，已依行政院指示，研提易淹水地區後續治理及維護管理計畫，目前正依經建會意見修正中，奉核准後將依核定經費協助地方辦理。