交通部台灣鐵路管理局表示，列車由台東開往新左營，意外發生在上午7時33分，地點在枋野－加祿站間的枋山1號隧道口，大約是枋寮站起15公里400公尺處。
造成列車出軌事故，其中第5、6車分離，第2到5車出軌，1、2車在隧道外、3到6車共4節車廂卡在隧道內車上乘客約250人。
事故發生後台鐵成立一級應變小組（局本部、高雄、台東），台鐵副局長鹿潔身表示，有3人重傷、9人輕傷。台鐵安排3514區間車（台東開往高雄）接駁，10時8分返抵大武車站，再由救護車將傷者送醫。
台鐵調派機具趕赴現場搶救。不過事故地點在偏遠山區隧道內，一早大雨增加搶修困難。在得知災情後，國防部表示，國軍第四作戰區已指示空軍防訓中心編組救援小組32人趕赴現場救援。
這起事故造成南迴鐵路不通，台鐵也在屏東枋寮與台東大武間，安排10輛公車接駁。事故現場造成雙向列車無法行駛，高雄火車站出現退票人潮，副站長蔡蒼生說，至少半天無法通行，台鐵會受理所有購票民眾全額退費。
對於外界質疑何以沿線未裝設監視器，台鐵表示，南迴線被列為土石流危險區，沿線有裝監測器，但今天事故的枋山1號隧道口剛好沒裝，事後會評估裝設。今天的意外，台鐵研判是大雨造成土石鬆動，但上午巡軌人員並未發現任何異狀。
根據台鐵紀錄，枋山1號道口未曾發生過土石流事故。去年6月間在台東大武2號隧道口發生土石流的地點，和今天事故點相距約30公里。
全台鐵路沿線邊坡裝有監測器的7個路段，包括台北的七堵-八堵、新竹的新豐-竹北、苗栗的豐富-苗栗；另4處在南迴線，包括枋山-枋野有2處，另2處在枋野2號及枋野3號隧道口。這7處有邊坡監測器的路段，每處裝有2到3個監測器，每個監測器費用加上通訊設施，估計過新台幣100萬元。
台鐵在台東山里至屏東楓港的路段，穿梭在中央山脈間，遇到豪雨潛藏危機，近幾年來發生5次火車撞上土石流事故。包括2004年9月15日、2005年7月19日、2007年8月26日、2012年6月14日，地點在台東縣太麻里鄉瀧溪隧道口等4次情況嚴重導致火車出軌。