受傷的乘客都是第二節、第5車廂乘客，因車廂出軌，旅客來不及反應，從椅子上彈起墜落受傷。
受傷的分別是53歲李姓婦女，台東人，腰部受傷無法動彈，意識清醒，目前住院治療；25歲林姓小姐，在台東工作，骨盆和大腿受傷，意識清醒 (2人在台東馬偕醫院)；52歲鄭姓婦女，左腿、骨盆、腰部受傷，目前在台東基督教醫院無生命危險。
另外，還有2名旅客感覺身體不適，自動到醫院檢查，其餘傷者無大礙，不願送醫。
事發當時，台東馬偕醫院醫護團隊剛好在火車上，給予病患緊急處置，降低傷害，台東縣消防局和台東衛生局也立即啟動緊急醫療網。