康芮颱風帶來豐沛雨量，水利署表示，颱風帶來的「雨比風大」，29日上午雲林縣、嘉義縣、嘉義市、台南市及高雄市部分地區出現較嚴重的淹水災情；水利署也推估，未來可能發布一級淹水警戒的縣市已增加到13縣市，從北部的桃園縣開始，南至屏東縣。
在水庫方面，多數中南部的水庫已經滿庫，白河、曾文水庫等已經進行調節性放水。水利署副署長田巧玲：『(原音)目前滿庫或自由溢流的水庫，現在有鯉魚潭水庫、仁義潭水庫、烏山頭水庫、南化水庫，這些水庫都已經滿庫、自由溢流。調節性放水的水庫包含明德水庫、石岡壩、集集攔河堰、白河水庫、曾文水庫、牡丹水庫，這些都是進行調節性放水。』
至於工業區部分，根據工業局的統計，雲嘉南一帶的工業區出現零星淹水災情，像是高雄仁武工業區，一度水淹到半個車輪高，高雄臨海、雲林豐田以及台南新營、官田工業區也一度傳出積水，但隨著雨勢暫緩，積水狀況已慢慢排除。