康芮颱風雖然沒有直接侵襲台灣中南部，但颱風的外圍環流讓當地出現豪大雨或超大豪雨。截至今天(29日)清晨，康芮颱風已經對雲林、嘉義、高雄、屏東等地造成影響。
目前雲林、嘉義地區已嚴重淹水，部分國道及快速道路路段也因路面積水而暫時封閉。嘉義市政府共封閉7座橋梁，阿里山公路等多條山區道路也宣布自上午6時起預警性封閉，視天候狀況才決定開放。
在台南各區也有淹水的情況，其中，新化區部分庄里因為虎頭溪暴漲，淹水將近1層樓高，消防局已出動救生艇救援，是全台南市淹水最嚴重的區域。台南市災害應變中心已在清晨7時一級開設，根據台南市災害應變中心的資料指出，在凌晨3時半急降雨之後，許多區域都已展開撤離作業。
由於台南市上午維持照常上班上課，下午才停班停課，引發受災地區民眾不滿，台南市長賴清德在視察時受訪表示，這是根據氣象局的資料做出的判斷。賴清德說：『(原音)(凌晨)所下的雨有些是下在上游，流到中下游來，有些是下在低窪地區造成淹水，可是在上班時間我們看雨勢已經停了，最主要是中央氣象局的預測根本沒有達到停止上班上課的標準。』
另外，因雲林、斗六凌晨大雨，水淹鐵軌，火車無法南下，列車停駛，莒光號、自強號等北上列車，也只能駛至台南火車站就得停車。
另外，高雄地區也連夜下起大雨，並出現多處積水，一輛載送10名幼童和老師上學的娃娃車，上午還因為積水受困在產業道路，進退不得，由警消派出大型救援車趕往接駁。
高雄市長陳菊上午特地視察水情中心，了解各地災情，並指示相關單位全力因應災情。高雄市下午也將停止上班上課。