教育部也明訂高中附設國中部學生，若已錄取直升，想參加第一次免試入學其他學校，須在第一次免試入學啟動前，透過書面聲明放棄直升。
依日程表，明年三月起甄選入學報名和測驗，五月十七日和十八日國中教育會考，全國國三生強制考國、英、數、社、自及寫作測驗，六月初直升放榜報到，六月中旬起第一次免試入學報名、放榜及報到，七月十二日和十三日特色招生考試，八月九日至十四日再辦理第二次免試。另，高中職課綱也已配合微調。
台北市陳姓家長表示，曾聽到有家長教導「撇步」，在第一次免試報到後再考特招，可同時保留兩邊機會。但國教署組長李秀鳳強調，升學途徑只能「選一」，不能同時占好幾個位置。
國三生的免試入學將不再採計在校成績，亦即不得採計語文、數學、社會、自然與生活科技等四學習領域在校成績。健康與體育、藝術與人文及綜合活動三學習領域在校評量只能以及格作門檻。高中職也不能訂定申請條件，有超額情形再依各招生區的比序項目進行，國中教育會考多占到總分的三分之一比重。
免試入學管道受招生區限制，例如基北區國中生原則上只能免試入學基北區高中職，只有經第一次免試和第二次免試招生均未滿額的高中職，教育部才放寬得報經主管機關核准後，可不受就學區的跨區限制續辦免試招生。至於特色招生則不受招生區限制，但考生只能擇一區報考。