儘管馬政府頻頻動用行政資源宣傳服貿協議對台灣是「利大於弊」，但不管學界或服務業的業者，至今仍對服貿協議的衝擊感到憂心忡忡，質疑聲浪居高不下。
業者擔心重蹈傳產西進覆轍
台中市傳統整復員職業工會理事長吳志成指出，傳統整復推拿有職業證照問題，兩岸簽訂服貿協議後，大家憂心中國業者以按摩名義入台；本身另經營出版業的吳志成，也質疑台灣的智慧財產權若在中國被侵害，根本沒有保障。
在公聽會上，楊姓旅遊業者指出，業界都知道，陸客來台旅遊市場早已是「一條龍」作業，包括飯店、餐廳，背後都有中方投資，利潤幾經剝削，台灣業者根本無利可圖。
她表示，她並未經營陸客團，因為陸客團不但沒有利潤，還會留下滿地垃圾及到處吐痰，對台灣旅遊品質衝擊很大，她不解為何業者要以更低的價格優待、迎接陸客？
台中直轄市總工會秘書長林杰弘說，勞工關心的是服貿協議能否增加就業機會、提升實質薪資？政府別忘了多年前傳統產業西移、南移，對勞工造成的就業衝擊，如今開放主力產業服務業，是否會衍生類似衝擊，政府有責任說明清楚。
貨運業者林鴻偉則憂心服貿協議簽訂後，台灣若不能善用國際運輸的樞紐地位，反而被中國吃掉陸、海、空市場，也衍生邊境查驗等國家安全問題；鼎王餐飲集團執行長特助王俊能說，當競爭業者背後是中資、高幹，期盼政府對食品安全能同樣把關。
學者質疑中資衝擊如何掌控
清華大學電機系教授呂忠津則提醒，量變勢必產生質變，當中國來台經營企業、業者愈來愈多，台灣如何面對如此衝擊？有無能力掌控變局？政府應向產業界說清楚。
中興大學應用經濟系教授陳吉仲表示，服貿、貨貿、自由經濟示範區陸續施行後，雖可降低成本，但勢必衝擊既有業者生存，隨著貿易頻繁，影響更大。