二代健保補充保費今年已面對了2波入帳高峰，主管機關正統計包含獎金、股利等收取效益。而面對股市名人阿土伯等指出補充保費課徵股票股利納入可扣抵稅額課2%，在不保證填權息的情況下，如投資人持有一張中華電(2412-TW)除現金股利已達收取門檻也納入扣抵率19.23%計算保費。而如一張正崴(2392-TW)扣抵率29.31%，並發放2.5元現金股利，以一張正崴發放股利約為3232元計算，持有兩張應繳補充保費約是64元，而多數投資人非持有一張且諸多上市櫃公司也非單純發放現金股利，則以加計發放股票股利與持有張數總額加上扣抵稅額收取。
另外市場也已多次質疑，扣繳門檻除獎金無下限外，其餘皆為單次給付達5000元、計算金額上限則為1000萬元。因此以股利收取金額上限1000萬元，意味著換算股票補充保費最高收取門檻20萬元，持有與股利收入上億元的大股東超過上限的部分幾乎可以說課徵不到，同樣的情況也出現在租金收入上，建議應拉高門檻上限而非抓小放大。
督導官員指出，以扣抵稅額納入部分是與財政部方面取得共識，二代健保總檢討小組正醞釀提出檢討方向，外界的各種建言都會納入評估，在整體考量後提出改善作法。