台南市區鐵路地下化計畫屬於愛台12項建設之一，耗資293.6億元將台南車站地下化，並新增林森、南台南站2處地下通勤站，計畫全長8.23公里，民國98年經行政院核定，預計106年完工。由於與大埔案一樣需徵收民宅，被視為「南部大埔案翻版」。
廖本全指出，兩案的問題癥結都在於土地徵收條例即使歷經修法，仍存在諸多問題，更是各縣市政府不顧憲法保障人民財產權，作起無本生意強拆民宅炒地皮的惡法。「關鍵在於土地徵收條例無法約束徵收行為，反成徵收者的好用工具。」
相較於日本政府官員將公共建設徵收民宅視為恥辱，德國保障徵收後得到更優渥的條件，廖本全說，「台灣的土地徵收過於浮濫。」土地徵收應該是最迫不得以的最後手段，台灣的土地徵收卻未透過正當程序，釐清正當性、公益性、必要性。
「大埔案就是沒有必要又缺乏公益的浮濫徵收，這樣的徵收案在全台各縣市到處上演。」廖本全指出，土地徵收的補償不合理也是一大問題，大埔案的區段徵收中，被徵收後可領回的抵價地不到原有40%，台南鐵路地下化的一般徵收雖依市價給予補償金，但卻由未必具土地估價專業的台南縣政府人員評估市價，應透過第三方公正估價師取代。