苗栗大埔與台南鐵路東移案都引發民眾抗議，內政部長李鴻源因指稱兩者「都是類似的土地徵收案」被認為是「拖台南市長賴清德下水」。李鴻源今（22）日表示，他從來沒有評論過大埔或南鐵案，應該是誤會。但他也強調，土地徵收是政府進行重大工程的必要手段，不能輕廢，否則政府若要進行重大工程時，會有困難。
由於李鴻源日前說，苗栗大埔案與台南鐵路東移案，基本上是兩個很類似的「土地區段徵收案」。兩者因抗爭團體有不同屬性，而出現不同社會觀感。如果地方政府都能有效溝通、落實對拆遷戶的安撫與照顧，相信被接受的程度會相同。
不過，台南市長賴清德對李鴻源發言非常不滿。賴清德表示，他為此感到震驚與遺憾。他認為李鴻源發言前，顯然未詳細了解鐵路地下化與大埔案不同的本質，把二案相提並論，將造成台南市鐵路地下化推動的困難，如果因此導致工程延宕、停擺，「李鴻源對不起台南市民」。
對此，李鴻源則強調，他從來「都沒有把誰拖下水」的意思，他是說不管一般徵收與區段徵收，都是政府進行重大工程的必要手段，不能輕言廢除，否則未來政府做任何工程都會有困難。
李鴻源說，他從頭到尾都未評論台南市或大埔的案子，他認為這應該是誤會。
他也強調，土地徵收是國家進行重大工程的不得已手段，只是執行上能不能更有技巧，是有需要改善的空間。