苗栗大埔案引發民間激烈抗爭，內政部長李鴻源日前提到台南鐵路地下化建設，並表示這和大埔案是很類似的「土地徵收案」，引發台南市長賴清德不滿，批評李鴻源是「圍魏救趙」，要拖台南市下水。
對此，李鴻源22日澄清，表示他從頭到尾都沒有評論大埔或台南的案子，更沒有要把誰拖下水的意思。他的談論重點是無論一般徵收或區段徵收，都是政府進行重大公共工程的必要手段，因此不可輕言廢除。他說：『(原音)我從頭到尾就沒有要把誰拖下水的意思，我想一個是一般徵收、一個是區段徵收，我強調的就是說土地徵收是做重大工程的必要手段，不能輕言廢除。事實上，我的重點是在談這塊，我從頭到尾沒有comment(評論)台南市的案子，沒有comment大埔的案子，所以我想應該是有點誤會吧！』
李鴻源表示，內政部將把大埔當做案例，與全國地政專家學者分批座談，徵詢他們的專業意見，並邀集相關部會、地方政府及需地機關，就整起案件通盤檢討。
針對外界要求修正土地徵收條例，李鴻源也再度強調，可以討論是否有再次修法的必要，但重點是修法方向必須符合大眾及小眾的利益，並讓需地機關能夠完成工程進度；若修正後的條例讓許多工程無法推動，這絕非國家之福。
此外，針對聲援大埔的抗議民眾在臉書上發起「萬人自首」活動，李鴻源說，警察有義務針對違反集會遊行法及破壞公署等行為進行蒐證，並提交檢調單位，相關做法沒有針對性，至於民眾要怎麼做，是他們的權利。