行政院發言人鄭麗文、內政部長李鴻源日前回應大埔「拆政府」行動時，先後都提到台南市鐵路地下化拆遷爭議。市長賴清德除了火速說明兩者本質不同外，今（22）日將親自參加行政院會並受訪，有待行政院長江宜樺消弭緊張氣氛。
李鴻源日前指出，苗栗大埔案與台南鐵路東移案，基本上是兩個很類似的「土地區段徵收案」。兩者因抗爭團體有不同屬性，而出現不同社會觀感。如果地方政府都能有效溝通、落實對拆遷戶的安撫與照顧，相信被接受的程度會相同。
賴清德昨日召開說明會強調，台南市鐵路地下化與苗栗大埔徵收案，兩案本質上截然不同，在執行上，市府不會放棄任何一絲與市民溝通的機會，也不輕言強拆民宅。
對於李鴻源的發言，賴清德表示，他為此感到震驚與遺憾。賴清德認為，顯然李鴻源發言前，並未詳細了解鐵路地下化在本質上與苗栗大埔不同，把二案相提並論，將造成台南市鐵路地下化推動的困難，如果因此導致工程延宕、停擺，李鴻源對不起台南市民。
他還說，李鴻源以政治的角度出發，並未實際了解兩案在工程、路線與過程的不同處，就出此言，是不恰當的，將台南市拖下水，讓人懷疑有「圍魏救趙」的意圖。希望其他中央長官不要再犯同樣錯誤，否則對台南市不公平。
對此，李鴻源昨受訪表示，他沒有要評論案子做得怎麼樣，請賴清德放心；地方只要做得好，內政部一定支持、協助。他也無意替任何人背書，土地徵收是必要手段，只是執行過程可以更小心。