媒體報導指李鴻源認為，苗栗大埔案與台南鐵路東移案，基本上是兩個很類似的「土地區段徵收案」，因抗爭團體有不同屬性，而出現不同社會觀感。賴清德中午舉行記者會，強調兩案本質不同，李鴻源的說法不恰當，把台南市拖下水。
李鴻源今天一早就陪同總統坐鎮中央災害應變中心，並召開潭美颱風應變會議。李鴻源接受媒體訪問表示，他沒有要評論案子做得怎麼樣，請賴清德放心；地方只要做得好，內政部一定支持、協助。
李鴻源說，他無意替任何人背書，土地徵收是必要手段，只是執行過程可以更小心。
李鴻源表示，未來要計算土地承載力，並普查各地的科學園區、工業區等，若縣市有閒置用地，就不能再徵收土地。