嘉義縣政府委託學者完成海峽兩岸服務貿易協議對嘉義縣之影響研究報告，內容指出嘉義縣將有28項產業、127700人，高達49.68％的就業人口直接或間接受到服貿協議衝擊，縣府估計以縣內總人口數530718人、每戶4人計算，幾乎每戶人家都有成員受到影響。
縣府表示，這份委託國立中正大學國家安全研究中心主任宋學文教授進行的研究報告，詳列服貿協議開放內容，並與嘉義縣相關產業進行評估比對，依開放後中資來台，以及其相關產業未來在嘉義縣可能的經營模式，透過產值數據進行分析，結果顯示嘉義縣將有3507家廠商（含實驗室和醫療院所）受到影響，受影響的相關產業總產值至少有53.85億元，與政府所宣稱的可增進產業發展與就業，明顯有很大的落差。
統計資料指出，嘉義縣三級產業（服務業）所占比例已由2001年的40％提升至2012年的46.9％，就業人口在2012年達到121000人，占就業人口數的47.1％，顯示三級產業相關政策對嘉義縣產業發展與就業影響甚深。
嘉義縣自有財源不足，在西部走廊位處政經邊陲，尤其後六都時代財政資源往直轄市過度集中，弱勢縣市勢必雪上加霜，一旦簽訂服貿協議，衝擊在地產業，捉襟見肘的財政狀況將更形惡化。
宋學文在報告中指出，服貿協議對台灣未來的政治、經濟影響巨大且深遠，應爭取國會監督精神及逐條審議的立法程序，中央也應對嘉義縣等易受負面影響，以及在服貿協議下產業結構處於劣勢的縣市，給予配套的保護、輔導及補貼政策，對相關規定也應給予更多彈性的運用空間，並授權地方政府因應特殊產業結構的行政裁量運作空間。最重要的是，政府的後續談判、協議都應邀請產官學與政黨各方代表參與。