行政院發言人鄭麗文、內政部長李鴻源日前回應大埔「拆政府」行動時，先後都提到台南市鐵路地下化爭議，市長賴清德今（21）日召開說明會，鄭重澄清兩案本質上截然不同。
賴清德表示，台南市鐵路地下化市民引頸期盼20多年，屬於台南重大工程，具備縫合都市功能、促成交通便捷、減少交通對台南市的衝擊，其「公益性」毋庸置疑。
他說，因為自救會所提出的工法版本，從各角度看，無論拆遷戶數、軌道鋪設及切換次數、施工方式、總工期、地下結構厚度、連續壁至用地範圍邊界、安全性、交通影響，都沒有優於行政院版本，所以市府沒有其他的選擇，因此市府繼續推動行政院核定的版本。
賴清德指出，市府基於對拆遷戶的照顧，除依法給予徵地補償外，市府額外提出「專案照顧住宅方案」，選定南台南副都心火車站前，生產路對面的精華地段，蓋住宅照顧方案，讓拆遷戶以成本價選購。
事實上，不僅中央，也有部分民眾將大埔、南鐵案同等看待。因此，賴清德說，在公益性、必要性、對居民的照顧，都沒有問題之餘，卻發生外縣市民眾不明事由，而產生誤解，若導致整個重大建設的延宕或停滯，對於台南188萬市民是非常不公平的。
對於自救會抗爭，是否影響工程延宕一事。賴清德表示，工程核定與執行，交通部是主政單位，市府主要是配合土地徵收，市府將依照既定期程推動，並要求交通部如期如質完成，至於交通部是否會受其他因素影響，因而使本案有變化或延宕，則不得而知。
賴清德強調，台南市鐵路地下化與苗栗大埔徵收案，兩案本質上截然不同，在執行上，市府不會放棄任何一絲與市民溝通的機會，也不輕言強拆民宅。
★經費來源不同
賴清德說，苗栗大埔事件是徵收農地，興建工業區、住宅區、商業區，以土地增值價值來滿足開發費用。但鐵路地下化費用，是由市政府與交通部分別負擔。鐵路地下化後，騰空的土地將規劃為公園綠道，鐵軌上方既是道路，也就無法「還地於民」。
★徵收目的不同
就徵收目的而言，賴清德說，大埔案是開發工業區，南鐵是交通部重大交通建設；就徵收後用途，大埔是設廠、劃設住宅、商業區，南鐵是將鐵軌地下化，上方為公園道，全部是交通建設。
★徵收必要性不同
就徵地必要性，賴清德指出，大埔可選擇其他土地做工業區開發，南鐵是配合現行鐵路，致無法遷移它地，徵地是唯一選項；就拆遷房屋，大埔部份屋主拒絕拆屋，南鐵則無論各界所提任何工法版本，都必須拆除房屋；就照顧拆遷戶，大埔是依法定補償，南鐵除了依法定補償，並提供照顧住宅方案。
至於經建會有意將台南市鐵路地下化列入跨域加值計畫，引起外界疑慮台鐵藉此活化營利，賴清德表示，去年在行政院會堅決反對納入，所以最終核定的計畫中，台南市鐵路地下化確定沒有列入跨域加值計畫，因此並沒有任何財團利益炒作的空間。
對於李鴻源的發言，賴清德表示，他為此感到震驚與遺憾，顯然李發言前，並未詳細了解鐵路地下化在本質上與苗栗大埔不同，把二案相提並論，將造成台南市鐵路地下化推動的困難，如果因此導致工程延宕、停擺，李鴻源對不起台南市民。
他說，李鴻源以政治的角度出發，並未實際了解兩案在工程、路線與過程的不同處，就出此言，是不恰當的，將台南市拖下水，讓人懷疑有「圍魏救趙」的意圖。希望其他中央長官不要再犯同樣錯誤，否則對台南市不公平。