媒體報導指李鴻源認為，苗栗大埔案與台南鐵路東移案，基本上是兩個很類似的「土地區段徵收案」，因抗爭團體有不同屬性，而出現不同社會觀感。賴清德中午舉行記者會，強調兩案本質不同，李鴻源的說法不恰當，把台南市拖下水。
賴清德說，鐵路將台南一分為二，南鐵案屬重大工程，可縫合都市功能，因行政院版本較優，市府不得不放棄自救會版本，拆遷戶不只依法取得補償，市府更提出住宅照顧方案，讓拆遷戶在南台南副都心火車站以成本價選購住宅。
不過「反南鐵東移」自救會長蘇俊文說，南鐵案和大埔案根本就是一樣的案子，都是攸關人權和土地徵收的問題。
蘇俊文表示，若非要說南鐵案和大埔案不同，只有一個，就是一案在北部，一案在南部，南鐵案發生在民進黨執政的縣市，大埔案發生在國民黨執政的縣市。
行政院民國98年核定台南鐵路地下化工程案，從台南市仁德區到東區，全長8.23公里，預定民國106年完成。南鐵案預定拆除鐵路東線407戶住家，被拆遷戶組成自救會抗爭，且提出不同工法版本，但賴清德今年3月向市議會報告，決定採用行政院版本。