行政院研究發展考核委員會表示，因涉及已施行機關與待完成立法新機關間的連動，行政院將繼續協調推動完成立法，以確保業務順暢運作。
行政院組織法民國99年2月3日修正公布，行政院從37個部會減為29個部會，成為14部、8會、3獨立機關（中央選舉委員會、公平交易委員會、國家通訊傳播委員會）、1行（中央銀行）、1院（故宮博物院）、2總處（主計總處、人事行政總處），並自101年1月1日開始施行。
截至目前已按新機關組織架構啟動的包括外交部、文化部、法務部、金融監督管理委員會、國家通訊傳播委員會、行政院主計總處、行政院人事行政總處、公平交易委員會、僑務委員會、客家委員會、中央選舉委員會、中央銀行、故宮博物院、財政部、教育部、國防部、衛生福利部等17個部會。
國軍退除役官兵輔導委員會的組織法已通過，行政院核定於今年11月1日啟動。
整合行政院經濟建設委員會、行政院研究發展考核委員會、行政院公共工程委員會及原行政院主計處電子處理資料中心部分業務而整併設立的國家發展委員會組織法在8月6日立法院臨時會通過，但行政院尚未核定施行日期。
尚未通過組織法草案的有內政部、經濟及能源部、交通及建設部、勞動部、農業部、環境資源部、科技部、大陸委員會、海洋委員會、原住民族委員會等10個部會。
農業部、經濟及能源部組織法草案已經立法院司法及法制委員會初審通過，但林業單位歸屬等爭議條文待朝野協商。海洋委員會組織法草案也完成初審，不過，海洋委員會的定位仍需經朝野協商。