反台南鐵路東移自救會今(14)日到民進黨中央抗議，稱南鐵東移是「苗栗大埔事件翻版」，對此，台南市政府下午發出新聞稿表示，鐵路地下化是中央在台南20年來最重要的建設，對台南整體發展扮演關鍵角色，且用途僅為交通建設，絕無徵地開發、圖利財團等情事，「與苗栗大埔農地徵收完全不同」。
對於遭指控「大埔案翻版」，南市府反駁，大埔案所徵收的土地是規劃為廠商設廠用地、住宅區和商業區利用；但台南鐵路地下化是重大交通建設，未來現有鐵路用地騰空後，已在都市計畫中清楚列為公園道，絕非徵地開發、圖利財團。此外，南市府也指出，大埔案徵地有其他選項，「必要性有極大爭議」；但台南鐵路地下化徵收或價購的土地沒有其他選項，且地下化的必要性連自救會都沒有反對。
南市府指出，在土地正義方面，大埔事件中苗縣府僅辦理徵收補償，而南鐵地下化中，南市府則會要求交通部盡量與居民協議價購，且市府會在台南市東區生產路南側，提供約365戶專業照顧住宅，不但鄰近未來鐵路地下化後新設的南台南車站，也靠近台南航空站和小巨蛋預定地，區位良好，未來會供拆遷戶以優惠條件選購，解決居住問題。
此外，南市府也強調，南鐵地下化自98年9月核定「在現行軌道東側以『明挖覆蓋工法』建設永久軌」後，至今從未修改，絕無所謂「東移」情事；再者而言，鐵路地下化是中央近20年來在台南挹注最大的交通建設，完工後有助於縫合都市土地，是市民20年來引頸期盼的工程，對台南的整體發展也至關重要。
南市府強調，政府每年開闢道路、興建任何公共建設都會徵收民地，徵收制度乃民主國家的正當法律程序；另外，南鐵地下化的民地徵收係基於建設所需，並非要將土地變賣或開發，符合正當性及必要性，且依目前工法選擇拆遷最少、需要民地最少的方案，因此南鐵地下化徵收土地並未違反土地正義原則。