為配合軍事審判法的實施，總數高達254位國軍軍事監獄受刑人及16位軍事看守所在押被告，在8月15日早上八點起，將分11梯次移監。國防部憲兵指揮部將在15日派出分別隸屬於憲兵第204指揮官、憲兵第205指揮部各一個連的武裝憲兵協助押解任務。
法務部矯正署在15日零時過後，就會派人到台南軍監、八德分監及八德與左營軍事看守所進行人別身分驗證！驗明正身後就進行管收移交，在移交的過程中，憲兵會派出偵巡車兩輛、載運憲兵武裝部隊的戒護大巴士二至三輛，囚車則由矯正署派來載運軍事犯進行移監作業。
據軍方高層指出，在確認第一波移監名單後，所以移監軍事犯已完成打包作業，14日的作息正常，14日晚間，因決策來得匆促，日新山莊未來得及準備加菜為254位移監軍事犯送行，15日一早為軍事犯在日新山莊的最後一餐，根據軍方表示，這一頓餐也無特別加菜。
依照軍監作息，15日一早，所有軍監受刑人在早上0530起床、0600用餐，0800進行唱名及移交給法務部管收後，陸續搭上由法務部矯正署派到軍監及軍事守所的移監囚車車隊內，等待載送到一般監獄報到。
軍方高層指出，軍方對於移監作業早有前例可循，諸如在2005年11月，「國防部新店監獄」移交給法務部時，當時將新店軍監收容人移監到台南軍事監獄就已經執行過一次大移監作業，所以，軍方處理移監作業，軍方並不是沒前例。