軍事審判法修正案在2013年8月15日起實施，國防部憲兵指揮部自15日0800起執行代號「日新專案」行動，將分11個戒護梯隊、分送11個戒護地區，由武裝憲兵配合各地警政單位戒護254名軍事監獄受刑人、16位被收押在軍事看守所的嫌疑人，共270位軍事犯移送法務部11處監獄與看守所收容。
目前在監執行的軍事犯計有中將3名、少將2名，在未來移監後，將不再享有軍監「將官級監房」之優遇，到一般監所後，將與一般受刑人身份一樣，只有編號而無階級。不過將級受刑人並未全部在第一階段移監。
軍方官員指出，目前在台南國軍軍事監獄服刑的兩間單人房分別是關押因共諜案被判處無期徒刑定讞的前陸軍少將羅賢哲及海軍前電譯士劉岳龍，至於其他四位將級受刑人為何未關在獨居房，高層透露，前陸軍第六軍團指揮官程士瑜雖關押在台南軍事監獄，但他選擇有室友的一般房舍服刑。部分將級受刑人因方便家人探監，是被送往國軍台南監獄北部分監(八德看守所)服刑。
至於國軍女性受刑人部份，因國軍監獄與看守所未設有女監專區，因此國軍女性受刑人早已與桃園女監有合作前例，統一委由法務部桃園女監收容。高層指出，國軍女性受刑人最高軍階為中校，至於受刑人數有多少?軍方官員透露，未超過二位數。
軍方高層透露，國防部、法務部已於13日完成協商，確認第一階段軍事法院應在8月15日上午9點30，將178件案件移交給全國24個普通法院，將254名軍監受刑人移監到矯正署所屬台北監獄及彰化監獄以南等11所監獄；另將15位被軍事法院收押及1位被軍檢署在押被告移至看守所。
而目前被收容的軍事犯中，共計有五位將級收容人，分別是前陸軍六軍團司令程士瑜中將、前憲兵司令何雍堅中將、前中科院院長陳友武中將；前陸軍化兵署署長張晉德少將及前陸軍通資處處長羅賢哲少將等五位，這五位分別觸犯貪汙治罪條例及共諜案被判處無期徒刑到5年2個月不等的徒刑。
除此之外，目前在軍事法院審理中有關將級人員涉案也將一併移往一般法院審理，由於目前國軍將級被移送審理案件中，有涉及性騷擾、有貪瀆、有共諜等案，因未定讞，因此軍方不願透露涉案將領名單。
不過包括前軍情局長葛廣明因帳目問題被移送事件均曾在媒體曝光，相關案件後續審理，將不再由軍方接手，而是交由一般院檢體系偵辦與審理。