軍審法火速通過後，總統馬英九已在紐約完成簽署，最快將在明（14）日公布；而為了因應新修法，司法院將在今日下午召開全國一、二審法院行政庭長會議，確認未來將軍審案件移交司法審理後，各法院成立軍事專業法庭，以及如何進行案件分案細節等問題。
軍審法修正通過後，未來軍審案件將分兩階段移交司法系統進行審理；首先，包括陸海空軍刑法之凌虐部屬及違法懲罰等罪，將在新法公布後立即移交，但其他非此類之軍法審理案件，則預計會在新法公布5個月內陸續移轉司法系統。
司法院長賴浩敏在12日訪視宜蘭地方法院時，宜蘭地院院長劉壽嵩表示，軍審法修正案通過後，由軍法轉移到宜蘭地院的案件僅2件，對人力影響不大；但他也擔心因為女法官沒當過兵，軍階可能都不懂，會建議第一年女法官不分案，第二年再平分。司法院也將開辦有關軍法的課程研習，讓女法官了解軍人的階級、任務編組等相關資訊。
不過，劉壽嵩也表示，有些法院、法官的案件較多，男法官會質疑「為何女生不用辦？」此外，現在法官比較喜歡辦民事案件，畢竟刑事較為複雜，而且還容易被非常上訴，也易遭罵「恐龍法官」，對法官來說是個「高風險行業」，因此未來在民事和刑事案件的分配問題上，也必須要有配套措施才行。