前年我國農業產值約四七五五億元，佔全國總產值一．八％左右。農委會統計室主任李秋嬿解釋，目前以農林漁牧初級農業計算農業產值，但鳳梨酥、花生糖、葡萄酒、粄條等加工品，也和農業相關，若未納入，不利農業政策整體評估。如把農業相關產業納入計算，初步估計農業產值可增加兩到三倍，預計年底就可據此算出去年農業產值並發佈。
但中興大學農業政策中心特聘教授陳吉仲指出，沒有一個國家把食品加工納入農業產值計算，試問農委會是食品加工業的主管機關嗎？農委會顛覆大家對農業的認知，在評估ＴＰＰ、ＦＴＡ時相當危險，因為貿易自由化後，業者進口大量便宜農產原料加工，農業產值被墊高後，農委會可藉數據誤導民眾，自由化後對台灣農業不會有衝擊，以此來犧牲農業、消滅農業。
台大農經系教授吳榮杰強調，農委會以「假帽子」騙大家，追求產值的表面數據，不是真正幫助農民。如要幫助台灣農業，應要求自經區使用一定比例的國產原料，但農委會不僅沒有要求，還讓業者用便宜的中國農產品，無形中排擠台灣農產品。
農經學者李武忠指出，自經區與台灣農業沒有連結，反倒是「前店後廠」運作模式，管控稍有疏失，恐使原本禁止進口的中國農產品流入國內市場。他呼籲「政府施政要務實，因為農民的感受是真實的，他們知道自己的生活到底有沒有變好」，如果只玩數字遊戲，農業只會慢性自殺。