翁啟惠團隊長期致力於癌症的特殊醣分子研究，因為不同的細菌或癌細胞會有不同的醣分子結構，而癌細胞增生會讓醣分子明顯異常。疫苗製作方法，是先找出抗原分子，再做成抗體。
二○○五年一位日本教授發現RM2抗原醣分子和攝護腺的惡化呈正相關，當攝護腺惡化，RM2抗原也會跟著變多，有機會利用此分子當成抗原，發展出攝護腺癌疫苗。
翁啟惠研究團隊領先全球，成功以化學合成出複雜的RM2醣分子，接上可引發免疫反應的蛋白CRM197，成為製備攝護腺癌的候選疫苗，再配合可增加免疫力的佐劑，以老鼠當成疫苗動物模式，測試結果，顯示此疫苗可誘導出具消滅攝護腺癌細胞的有效抗體。
台灣泌尿醫學會理事長黃一勝表示，國人十大癌症死因中，攝護腺癌位居第七位，發生率為每十萬人口中有將近三十人，一年約有一千五百多名攝護腺癌新增病例。
攝護腺癌主要發生在五十、六十歲以上的男性，與常攝取高脂肪飲食有關，年齡愈長的男性更要注意採取低脂肪飲食，只要及早發現且癌細胞惡性度低，十年以上的存活率很高。
第一作者、台大化學系博士生莊宏揚表示，攝護腺癌疫苗的癌細胞毒殺實驗，在血清提高到十分之一時，有將近六十％的癌細胞會死亡，且只殺死RM2醣分子癌細胞。
醣分子疫苗也可抗腦膜炎
研究團隊也針對腦膜炎W135型菌開發藥物或疫苗，成功製備出貳、肆、陸、捌及拾醣不同長度結構的疫苗，在小鼠成功誘導出抗體；殺菌實驗是在提高血清八分之一時，一半的腦膜炎細菌死亡。
腦膜炎第一作者、中研院基因體中心與陽明生化所的博士生王嘉宏表示，合成四醣結構的疫苗即已有效，八醣的效果最好，由於合成方式簡單，預期可有相當大的產業價值。此兩項疫苗研究已經技轉給醣基生醫公司，可望十年內問世。