陸軍下士洪仲丘枉死案造成國防部長高華柱下台，國軍本可藉此引進文人國防部長，對軍中諸多弊端進行大破大立改革，不料，文人出身的部長楊念祖因為「專書」抄襲事件倉促下台，不只重創馬政府與國軍威信，更讓「文人領軍」推動國防改革成為痴人說夢。
軍人雖然熟知作戰事務，但是軍人出任國防部長，容易產生「軍種本位主義」與「學長罩學弟」的陋習。例如，海軍出身的國防部長，較會拔擢同為海軍的自家人，且採購武器也會以海軍裝備優先。
有鑑於此，文人國防部長是民主國家治理國防的常態。以美國為例，國防部長角色是擔任總統的主要國防政策顧問，並負責規劃一般國防政策和國防部相關的其他政策，根據法規，國防部長必須是至少在10年內未加入任何現役武裝部隊的平民。
台灣在2002年通過以「文人領軍」為目標的「國防二法」(國防法與國防組織法)。「國防二法」實施後，國防部也透過「國防特考」與「公開徵選」的方式進用「文官」，希望引進優秀文職人員參與國防事務，真正落實「文人領軍」精神。
不過「國防二法」實施至今，國防部並未落實「文人領軍」理念，許多進入軍中幕僚階層的文官人員抱怨遭排擠，甚至最後不得掛冠求去，國防部也在2011年遭到監察院要求檢討。
長期研究軍事事務的前立委鍾紹和指出，當前國防部文官面臨問題包括:
首先，國防部文官進用比例嚴重不足，以先進國家為例日本防衛省中文職人員100%、美國約84%、法國約70%，就連南韓都達到70%，台灣僅以30%為達成目標。
其次，國防部文官陞遷來源不合理。國防部文官來源可分為軍職轉文職、國防特考錄取文官、以及其他機關借調現職文官等三種來源。不過，仔細調查國防部文官後，高階文官大多為軍轉文的文官充任，這種「脫下軍裝、換上西裝」的文官來源，仍無法擺脫「軍人領軍」的思維。
前國安會研究員蘇紫雲指出，考試院也未配合提升國防文官進用比例，使得文人領軍無法落實。他強調，軍文官關係未必是相互制衡，更像是交響樂一樣，可以有互補效應。
除此之外，「國防二法」通過後，文人副部長(即軍政副部長)的角色相形重要，可惜「國防二法」實施至今，除林中斌與蔡明憲二位副部長因為推動國防部法制化工作獲得重用外，其餘副部長功能遭到架空，不是擔任主持開會、接待外賓，就是與記者餐敘的工作，未發揮應有的改革功能。
在楊念祖之前，我國只出現過俞大維、汪道淵、陳履安、孫震，與僅擔任百日的蔡明憲等文人部長。正由由軍中缺乏文人幕僚、文人領軍傳統，因此楊念祖接任後，許多人推測他將面臨軍方反撲力量，部長的位置恐怕坐不久。
國防部應該提高文官進用比例，使其不受總員額限制、提高國防文官薪資待遇、深化國防文官專業進修，如此才能真正落實「文人領軍」理念。