自經區第一階段以「五海一空」（基隆、蘇澳、台北、台中、高雄5港及桃園航空城），再加上屏東農業生技園區為核心，並以「境內關外」結合「前店後廠、委外加工」的營運模式，推動智慧運籌、國際醫療、農業加值及產業合作，未來擬加入金融業等產業，行政院副院長毛治國表示，未來只要經建會和主管機關協調出具體做法，陳報行政院，便可納入自經區第一階段的推動範圍，所以產業活動不僅4項，而是「4＋N」項。
不過，全民監督健保聯盟發言人滕西華擔憂指出，目前台灣尚有150個醫療資源缺乏的地區，政府沒有想辦法改善或是增加公共資金的挹注，只顧著在自經區開辦國際醫療，她說，醫院一旦營利化，將會惡化台灣醫療商品化的發展，人民看病自費的比例將提高，台灣的醫士人力會向營利機構流動。
滕西華強調，醫院大舉開放營利後，政府的公共投資會極速撤退，屆時全民健保的困境會更嚴重，這將擴大醫療階級化。
▲全民監督健保聯盟發言人滕西華表示，自經區對醫療營利化的開放，未來將造成國內醫療階層化的問題。（圖文／楊子磊）
就農業加值面來說，台灣農村陣線研究員許博任表示，農產加工是農民提高產品附加價值、平衡產銷失衡的重要手段，但現在政府透過自經區，變相開放外國農產品原料免稅來台，這將扼殺台灣小農想透過農產加工提昇收入的最後一條路，最後得利的將是食品加工財團。
民間團體還批評，政府落入了「低稅賦才能吸引外資」的迷思。公平稅改聯盟召集人王榮璋表示，政府沒有先做稅式支出估算，就在自經區提供多項減稅政策，包括農工原料免關稅、營業稅和貨物稅，外商提供區內需要的專利、授權可免稅，外國人士來台工作前3年綜所稅只要繳一半等，這將深化台灣貧富差距，造成國家財政體系的崩潰。
清大電機系教授呂忠津也說，過去馬政府為了吸引外資，還將營業稅從25％降到14％，卻沒見外資投資市場起色，非但無法達到救經濟目的，還損失了稅收，深化租稅的不公現象。
不僅如此，台少盟秘書長葉大華表示，為了配合自經區的推動，勞委會職訓局最近放寬外國白領人士來台條件，不用任何工作經驗就可來台，這將會排擠到台灣年輕人的就業機會，甚至帶動台灣勞動條件的下修、鬆綁。
▲公平稅改聯盟召集人王榮璋表示，自經區內的業者享有可觀的租稅優惠，將來一旦演變為削價競爭的局面，將對本地的企業主造成重大的打擊。（圖文／楊子磊）
針對自由經濟示範區第一階段推動計畫，行政院經建會估算，預期明年民間投資將會增加2百億元、國內生產毛額可增加3百億元、創造1萬3千就業人數，2015年自由貿易港區的貿易值可望突破1兆元。
衛福部部長邱文達表示，自經區的國際醫療是仿照日本、新加坡、馬來西亞等國的醫療服務中心，讓醫療服務的效率提高，更有制度化，目前後廠已有39家醫院簽署。預估2015年國際醫療服務人次可達30萬人，產值高達150億元。