前總統陳水扁任內第一位文人國防部長蔡明憲下午與媒體談話表示，陸軍下士洪仲丘案、國防部長楊念祖請辭，軍心潰散、士氣低迷，他深感憂心。
他說，國防不分黨派，馬總統應站出來為絕大多數國軍加油、打氣，勿因極少數人偏差或過失，影響全民對國軍的信任。
蔡明憲表示，馬總統近期內應邀民間專家學者、軍官與將領等共商提振國軍士氣、推動以人本為基礎的軍務改革、提升作戰效力與功能等議題。
此外，他說，兵役法規定，實施全募兵制須在不影響國家安全與志願役士官兵員額足夠先決條件下，但中國從未放棄武力犯台，且這兩年志願役士官兵招募員額不足，台灣沒條件實施全募兵制。
蔡明憲表示，馬總統應透過與民間學者專家等團體召開的軍事改革會議，暫緩推動全募兵制。
至於楊念祖涉論文抄襲請辭，他說，國防法很清楚，文人領軍是國防法很重要的基石，他對楊念祖請辭感到可惜。
他說，文人沒軍種包袱，對國防政策擬定、預算編列等有宏觀戰略思考。
蔡明憲表示，雖然2004年總統選舉發生三一九槍擊事件，傳出有退役軍事將領圖謀政變，但軍隊國家化推動相當徹底，他認為現在要發生軍事政變幾乎不可能。