菲方官員並強調，菲國調局調查報告及建議完全本於事證（evidences talk），結果可算是對台灣方面要求的正面回應（positive response）。
5月9日發生廣大興28號漁船遭菲國公務船射擊事件後，中華民國政府對菲律賓提出懲凶、正式道歉、賠償損失及展開漁業協議談判等4項嚴正要求；為了促使菲律賓政府正面回應，中華民國政府並對菲律賓施加了包括凍結菲勞申請等11項制裁措施。
由於此一事件不僅攸關釐清事實真相、爭取公平正義，更涉及國家尊嚴與台菲兩國關係至鉅，台菲雙方政府都以非常謹慎的態度處理相關議題。
事件發生迄今近3個月來，雙方政府除了展開合作調查外，雙方調查小組並在完成合作調查後，就調查所獲相關事證進行討論，以避免在判定上產生誤解。
另外雙方政府也在6月中旬召開首次漁業諮商預備會議，菲政府除保證類似廣大興28號漁船案的不幸事件不再發生外，會中雙方並獲致對漁船執法不使用武力及暴力等結論。
在雙方政府合作下，菲律賓政府也逐步以具體行動回應台灣的要求。但是自菲律賓國調局的調查報告於6月11日送進總統府馬拉坎南宮後，進展一度停滯，外界對此產生許多臆測。
菲方官員就外界關切加以辯護說明，此案攸關台菲關係，影響至鉅，菲政府以十分審慎態度處理，尤其菲總統艾奎諾三世收到調查報告後，不如外界所傳的僅是聽取簡報，而是多次與菲司法部長德利馬（Leila De Lima）作了全面研商。
官員表示，多達79頁的調查報告及所附的相關事證資料中，菲國就是否有前例、確實案情為何、相關菲國法令及國際法等細節，提出適當的法律見解，以求調查報告合理正當勿枉勿縱。
因此為了決定本案，除了須有充分時間通盤瞭解案情及相關事證外，另外也需耗費時日審慎研析與判斷，並非拖延。
官員並說，本案菲國各界人士看法不一，部分人士認為涉案海巡署官員是在進行海上執法，一旦遭以殺人重罪起訴，將嚴重打擊菲國軍方士氣，因而藉輿論施壓馬拉坎南宮。
另外涉案人員家屬也透過各種管道陳情，籲請艾奎諾三世從輕發落，雖然讓他頗感為難，但官員強調，菲政府堅持本於事證處理本案的立場始終如一。
而中華民國駐菲代表處居間積極努力協調，台菲雙方政府溝通管道暢通，意見都能充分表達，菲律賓政府也充分了解廣大興案對維繫台菲關係的重要性與急迫性，如果今天菲國調查局公布的調查報告及建議被視為正面回應，預料近期內菲方將派遣特使赴台說明與道歉，儘速恢復台菲關係。