行政院環境保護署表示，每焚燒1公斤紙錢就會產生1.5公斤的二氧化碳，還會釋放一氧化碳、揮發性物質，並產生微量重金屬等，也有引起火災的風險；尤其若露天燃燒紙錢，對空氣品質和環境衛生都會產生不良影響。
為減少空氣污染，目前全台已有18個直轄市、縣（市）政府提供紙錢集中服務，將紙錢統一送到由法師舉辦過淨爐儀式，且具空氣污染防制設施的焚化爐處理。集中焚燒總量也從民國98年的5211公噸提升到101年的7383公噸，有效減少空污，並改善空氣品質。
除了集中焚燒紙錢外，環保署更呼籲用環保祭祀取代燒紙錢。環保署表示，在尊重民俗傳統和兼顧環境的考量下，建議民眾以鮮花素果徒手祭拜，或網路普渡、推行大面額紙錢等活動，將買紙錢的費用，捐給社福團體或購買白米等方式，讓中元普渡可以更環保。