陸軍下士洪仲丘案重創國軍形象，也影響立法院今天三讀修正通過軍事審判法部分條文，現役軍人非戰時犯罪回歸一般司法機關追訴、審理，陸軍下士洪仲丘案適用。臨危授命在8月1日接任國防部長的楊念祖，正面臨帶領國軍走向改革的「決戰時刻」，卻因遭檢舉主編專書「決戰時刻」署名撰寫的論文涉嫌抄襲，而宣布請辭。
楊念祖晚間臨時舉行記者會宣布請辭，他親自說明，國內一位大學教授檢舉他在2007年2月主編的一本書「決戰時刻」，其中一篇署名楊念祖的文章涉及抄襲。
楊念祖說，他在檢視後發現這篇文章是他請朋友、也是他的同事所代寫，才曉得這名朋友代寫的這篇文章的確是抄襲一些由中國大陸某雜誌出版的一篇編譯外國學者出版專文的內容。他強調，這是個人的錯誤，已影響政府、國家的榮譽，應負起責任，因此辭職負責。
楊念祖請辭原因是遭檢舉主編時英出版社出版的「決戰時刻」一書中，親自署名所撰「全球軍事革新和科技化對解放軍戰略的影響」論文涉及抄襲。
楊念祖原為中華民國高等政策研究協會（CAPS）秘書長。 CAPS 在學界對研究軍事戰略、國際安全和解放軍頗負盛名。
CAPS的「中國人民解放軍研究計畫」小組針對共軍和西太平洋的情勢，陸續提出多篇專題研究報告，其內容引起多方矚目，由於每篇個別印刷數量十分有限，小眾分發造成向隅者眾，許多讀者紛紛建議成集出版。因此在2007年集結出版「決戰時刻」一書。
「決戰時刻」收錄14篇報告。內容涵蓋中國國防思想和建軍方向、軍事變革影響、中國網軍、海軍水下作戰、反潛和水下救難、陸軍現代化評估、城鎮作戰、防化作戰、中國空軍訓練與後勤、共軍後勤改革、共軍攻台戰役五階段推演等軍事科學中不同面向的研究題目。
「決戰時刻」在戰略部分收錄署名楊念祖的一篇報告「全球軍事革新和科技化對解放軍戰略的影響」。楊念祖今天坦承這篇報告是他請朋友代寫，且的確有抄襲一些由中國大陸某雜誌出版的一篇編譯外國學者出版專文的內容。
諷刺的是，中華民國高等政策研究協會（CAPS）在出版「決戰時刻」的書評介紹中特別指出，軍中讀者撰寫論文報告時經常缺乏參考資料，尤其是中國大陸的軍事材料，由於資料匱乏而大多引用大陸的「網路資訊」，「決戰時刻」是一本「有質有量有縱深」的軍事書籍，可供參考。