高鐵票價計算是依據交通部核定的基本費率，上限為基本費率加計20%。基本費率每年依過去3年物價指數檢討，當高於3%時，基本費率可依物價指數調整。
現在的高鐵基本費率是在2005年就核定，2007年高鐵通車時，基本費率是每人公里新台幣3.655元，台灣高鐵以加計上限20%，也就是每人公里4.386元計算票價。
2009年時，交通部通知台灣高鐵，2005年至2008年，物價指數上漲超過3%，可調高基本費率至每人公里3.875元。不過，台灣高鐵考慮高鐵才通車2年，且遇金融海嘯，所以未調高基本費率，票價也未變動。
今年4月，交通部再檢討物價指數，2010年至2012年物價上漲指數仍超過3%，同意高鐵基本費率可調為每人公里4.009元。
台灣高鐵考量基本費率已是8年前的水準，營運成本已增加，依據市場競爭力、旅客接受度評估，決定依最新基本費率調高票價。
交通部長葉匡時說，依據合約，台灣高鐵有調漲票價的權利，但希望台灣高鐵也考慮社會責任並顧及民眾的感受，推出更多的優惠。
台灣高鐵現在平均每天旅客量約13萬人次，平均載客率約55%；不過，尖離峰差距很大，尖峰時可能高達8成，離峰最低可能只有2成。
台灣高鐵研擬多項票價調漲配套措施，可能增加通勤族及常搭族使用的定期票、回數票折扣，在晚上9時以後的超離峰時段，給予類似早鳥票的優惠。
台灣高鐵認為，不同搭車族群會有不同的需求，對時間較不敏感的旅客，給了更多離峰時段優惠，可減少漲價對旅客的衝擊，也較平衡各時段的旅客量，甚至創造新的客群。