楊念祖是總統馬英九任內首任文人部長，原本高層打算借重楊念祖的學者個性與專業長才全力改革國防部。
陸軍義務役下士洪仲丘案發生後，輿論壓力排山倒海，3萬名網友包圍國防部，當時的國防部副部長楊念祖親赴火線，站上宣傳車接下抗議群眾的陳情書；當晚還出席成功大學學生為洪仲丘舉辦的紀念晚會，儘管遭丟擲玫瑰花等激烈抗議，仍面不改色，鞠躬道歉，安撫群眾。
楊念祖的身段柔軟，面對軍中弊案和各項政策推動，多次親上火線與民眾和立委溝通協調，這次在處理洪仲丘案，更扮演吃重角色，可看出高層對他的信賴和倚重。
當行政院6天前宣布楊念祖為新任國防部長時，曾傳出楊念祖出任意願不高，但他仍然接下這職務與重擔，在國軍非常時刻，一肩扛起所有責難與改革。
這段期間，楊念祖為處理國軍人權改革忙的不可開交，又碰上10萬名網友上街要求改革軍審制度。就在今天立法院三讀通過軍審制修法之際，卻傳出有學者向媒體指控楊念祖多年前的一篇文章涉及剽竊。
楊念祖立即在晚間召開臨時記者會決定請辭下台，讓人始料未及。