軍事審判法修法一次到位，分兩階段實施，現役軍人犯凌虐部屬、不當管教、阻撓投訴、妨害性自主或殺人罪等，依刑事訴訟法處理，修法後立即適用；其他以外的陸海空軍刑法或其特別法罪責，依刑訴法處理，自修法公布後5個月後施行。
在陸海空軍刑法或中華民國刑法未改變情況下，一般法官會以心證、犯罪動機、證據與犯後態度等作為量刑考量。
相較於熟悉部隊的軍法官，一般法官審理軍事案件，須在短時間內全面了解部隊內部運作，如單位屬性、階級與從屬關係等，甚至得從頭釐清，增加審理複雜性。
以部隊訓練為例，前陸軍總司令陳鎮湘表示，500下伏地挺身對海軍陸戰隊隊員可能稀鬆平常，但對一般部隊人員就會是極大負擔。
軍中常言「合理的要求是訓練，不合理的要求是磨練」，如何認定是合理的「訓練」或是不合理的「凌虐」，對於不熟悉部隊管理的法官，甚至是未當過兵的法官，在審理案件時將是重點；而部隊內部的管理和訓練如何符合法律規範、和社會觀感以及訓練實質效益，都考驗國軍改革要具體因應。
另外，軍隊戰時作戰區會開設臨時法庭，審理發生如違紀或逃兵、不願打仗等案件，以維軍紀，未來在因應平時、戰時的作業轉換，也須有具體作法因應。
軍事院檢平時在管轄區域運作，偵審案件，戰時或實兵演練時，軍檢與軍法官須參與，依狀況進展開設臨時法庭處理案件。目前尚未驗證過一般司法體系檢察官與法官參與演習或平時、戰時轉換。
軍審制修法後，未來可能衍生的各項問題、相關配套措施與因應作法，仍待政府相關部門討論研商與解決。