相對於行政院農業委員會疾管及家畜衛生試驗所公布，6月底確診、中斷50年的狂犬病病毒與中國大陸病毒最接近。
訊息一出，不少專家、學者也認為有可能，且有人認為，不太可能是50年前就留存至今的病毒，否則早該有野生動物死亡案例發現；但也不排除來自東南亞國家走私經濟動物，被遺棄山區致鼬獾染病。
不過，顏聖紘今天出席台灣動物社會研究會召開的「防疫還有哪些漏洞」記者會後指出，他認為不可能是來自中國大陸的走私動物感染台灣鼬獾，因為在基因序列中有看到來自菲律賓狂犬病病毒的基因。
基因定序作業過慢，不僅農委會，他說，中央研究院在指農委會基因定序過慢的同時，中研院本身也有能力完成才是。
他還說，農委會昨天公布的基因序列並不完整，也需要跟更多國家的狂犬病毒基因做比對，目前不能斷定是來自哪一國，但他認為不是中國。
此外，他在部落格做了以下論述，許多醫檢所使用的核酸或蛋白質序列快速診斷分析（UPGMA或Neighbor-joining）只能在樣本數很少，不牽涉追溯病毒來源，只想初步瞭解病毒身份時使用；但分析結果是不能被過度解讀的，也不可以拿來推測病毒起源。
他並說，若要使用系統發育分析策略來探索病毒起源，一定要「把多數動物的狂犬病毒序列」、「來自不同地區的狂犬病毒序列」，加上「台灣的序列」，一起用正確的方法分析才能得到可信的結果。
疫情確診之初，台大獸醫專業學院院長暨教授周晉澄就呼籲，要先找出疫情來源，因為事關防疫措施規劃是否有效，專家會議也不要只找官方的專家，「外面」的專家要一起邀請，特別是流行病學專家一定要納入，不能只有檢疫專家。
顏聖紘也說，判定結果會影響疫情來源與未來策略；如果病毒分析的取樣有偏差，會造成非常大的問題。