黃少祺2年前被傳與雙胞胎女子團體「ME2」的姊姊呂旻蓁（小蓁），秘密訂婚，但其實兩人2009年就已經在美國登記結婚，2011年是在台灣註冊結婚，而且去年6月就升格當爸媽，目前兒子已1歲，日前全家福一起去逛賣場，被媒體拍個正著。
黃少祺昨（5日）大方坦承已婚生子：「那是我剛滿1歲的兒子Jeremy。」還鬆一口氣說：「該來的就是會來，我終於可以帶兒子去游泳了。Jenny（小蓁）曾是藝人，不想要私領域攤在陽光下，我尊重她，但心裡還是會掙扎要不要說，以前Jenny會勸我不要帶兒子出門，但我兒子實在太可愛了，我沒辦法抗拒想看到帶他出門的笑臉。」
黃少祺表示為人父那一刻，是人生最奇妙的一件事，並透露兒子跟他小時候長得很像，他參考林書豪的英文名字，把兒子取名為Jeremy。黃少祺和小蓁情牽12年，兩人是在合作完《飛龍在天》後開始交往。
小蓁與雙胞胎妹妹小旻，1997年以女子團體「ME2」出道，後來轉演本土劇，2004年演完《慾望人生》退出演藝圈，並且甘願洗盡鉛華當黃少祺背後的女人，黃少祺很感謝老婆的默默付出，「她孝順、個性溫柔，一直很挺我，不想曝光去承受壓力。」黃少祺還心疼老婆表示：「她1個月花不到1萬元，從不買名牌，她身上的精品都是我硬買給她的。」