成功大學交通管理系畢業的陸軍義務役下士洪仲丘原本7月6日就要退伍，最後一次放假歸營後，被發現攜帶有照相功能的手機，6月28日被送到楊梅高山頂營區關禁閉（悔過）。7月3日在營區體能訓練後身體不適送醫不治，引發民怨沸騰。
洪仲丘告別式今天舉行，回顧過去這1個月，軍方一開始的處理失當，猶如點燃小小的火苗，最終延燒成幾近失控的野火。
網友在網路上串連，成立公民1985行動聯盟，在7月20日、8月3日兩度發起大規模群眾活動，8月3日的活動參與人數超過10萬人，主辦單位估計達25萬人，反映出沸騰的民怨。
洪仲丘遭凌虐致死案引發外界質疑軍中管教、禁閉室環境與課程訓練以及士官制度等諸多問題。
國防部在總統馬英九的限期要求下，7月25日召開記者會公布「『洪仲丘下士死亡案』教訓與國軍改革人權保障作為」草案，針對政策面、執行面，分別就軍法改革、人權保障、落實申訴制度、禁閉悔過制度等共13項，進行全面性檢討。
國防部檢討洪仲丘案，認為有沒依法行政、禁閉政策管理不當及人員急救疏失3大缺失。其中「禁閉室管理不當」革新作為包括禁閉（悔過）制度改革、落實申訴制度、防止幹部失當作為與強化心理諮商輔導。
為確保禁閉（悔過）懲處符合公平、公正原則，針對懲罰依據、人事評議會編組及懲罰原則等予以規範。懲罰程序移送須「連人事評議會」決議，由連級主官批示後，檢附相關資料，逐級轉呈軍團、防衛部核定。未來研議成立懲戒法庭，裁處禁閉懲罰。
「未依法行政」改革作為包括軍法改革、配合陸海空軍懲罰法修訂、人權保障、精進士官制度、發揮政戰職能。國防部針對精進士官制度提出改革構想，包括加強士官教育、提升人員素質，建立輪調制度以免久任一職，落實留優汰劣，強化基層。
軍法改革部分，國防部將主動檢討現行陸海空軍刑法，刪除與軍事勤務無直接關聯條文，縮減軍事審判範圍。
「人員急救不當」部分，國防部將強化軍民醫療合作、精進傷情即時回報機制、強化熱傷害診斷與緊急醫療救護能力，並落實官兵健康自我管理。
另外，申訴處理層級將由現行連級，跨越營級、旅級，大幅提升三個層級，至軍團、防衛部（海、空軍比照），並採取保護措施。
國防部承諾提出草案後，規劃展開各項改革工作；將在8月至9月依各界建言修訂計畫，年底前驗證各級執行情形，之後每週檢討工作進度，定期對外說明。
洪仲丘案讓軍中積習甚久的管教與體制陋規被攤在陽光下逐一檢視，衝擊了民眾對國軍的信心，連帶影響到全募兵制。
國防部多次強調要藉洪仲丘案「大破大立」，未來能否恢復民眾信心，關鍵除了還原真相外，更重要的是能否貫徹改革，真正做到避免重演類似案件。