總統馬英九今(4)日上午前往洪仲丘告別式上香致意後，隨即前往洪家安慰洪父洪母。馬總統說，政府將成立「軍事調查委員會」，不止洪仲丘的案子，連過去軍中的冤案，如果有需要，都不排除重啟調查。洪爸除向總統提出陳情書外，也希望「君無戲言，不要到最後都變成謊言。」
馬總統首先表示，「洪先生、洪太太，仲丘一個月前在違法濫權下往生，我今天特別來表達歉意，軍檢起訴18人，我知道洪家對事實真相還有質疑，未來洪家律師和檢察官，都還可以繼續追求真相。」
總統說，洪家希望仲丘的案子能夠移轉到普通法院來管轄，但這要透過修法才能完成，行政院現在已經成立專案小組，會在立法院進行協商，儘快處理，讓仲丘的案子儘快讓普通法院來審判。
馬總統說，這個案子也凸顯軍中有嚴重的缺失，7月26日軍中已經提出改革方案，他會以三軍統帥身分來嚴格監督改善。總統強調，政府將成立由學者專家組成的軍事冤案申訴委員會，「不止仲丘的個案，過去軍中的個案，條件許可的話，都可以重啟調查。」
總統再次表示，「我也是為人父，洪家爸爸媽媽的苦，我能感受。」總統強調：「仲丘絕對不能，也不會白白犧牲，會轉化成為改革的動力，改革軍中人權。」總統說，「我會負起我的責任，強力督導國軍改革，絕對不能容許類似事件再度發生。」
在總統發言完畢後，洪爸爸也接著表達看法。洪爸爸說，今天為什麼會讓全體國人這麼憤慨，是因為軍方在起訴後公開表示，「這些人犯的不是重罪所以可以交保」，讓他很質疑；此外，「起訴書中不斷抹黑我們，有證據的也沒有澄清和查察的說明，希望總統幫我們了解。」
洪爸爸說，感受不到法律對受害者的保護，他也特別準備了陳情書給總統，希望總統貫徹「管到底」的決心，不要只是再用搪塞的方式，來處理社會大眾的公憤。
洪家舅舅和洪家律師也提出相關文件向馬總統喊話，希望馬總統了解軍檢這個月來都在做什麼，為什麼還要在起訴書當中抹黑受害致命的仲丘？總統則回應表示，由於偵查不公開，希望未來洪家律師能和檢方，在一切都透明的法庭，共同找出事實的真相。洪家舅舅表示，希望政府不要「左手道歉、右手又來打我們」。
洪爸爸更當面向馬總統喊話，「希望君無戲言，不要到最後都變成謊言！」馬總統聽完洪家人和在座的意見之後，強調政府不希望和洪家對立，「我保證的，一定會辦到」。全埸靜默的洪媽媽，最後向總統請求：「希望政府能保護我們家人」。