陸軍下士洪仲丘疑遭不當處分致死案，引發軒然大波。立法院程序委員會排定臨時會議程，朝野共識將國防部長到外交及國防委員會報告「軍中人權保障及陸軍下士洪仲丘案」專案報告列第一案。
中國國民黨籍立委廖正井直指軍檢針對洪仲丘案起訴書「抓小放大」，楊念祖回應，這和起訴書內具體內容不同，他看到當中非常強調督導與監督職責人員，層級都已經很高，起訴到少將，已經有相當層級、單位主官管負起責任。
楊念祖說，後續還有法定程序，法院審理流程，家屬或律師都可循法律程序，就起訴內容辯論。
廖正井說，洪家指軍檢起訴書是污衊洪仲丘，楊念祖表示，軍高檢偵查過程中，依證據進行相關陳述，國防部尊重軍檢說明。
楊念祖針對禁閉室戒護士陳毅勳操練方式表示，這的確是非常嚴重與扭曲的操作方式，他感到非常遺憾，官兵居然會有這樣一個很不正當與嚴重違反規定的作為。
民進黨立委陳歐珀批評軍中以洪仲丘案當做文宣教材，楊念祖表示，這是資電部做的法治教育案例，非常不當，已經做處理。
楊念祖並說，部隊沒有對官兵下封口令，「我從來沒有從我嘴裡面說出，或任何行政上面要求處理」。