國防部強調，對於本案依法處理的嚴正立場至今並未改變，國防部、內政部與陸委會曾多次公開表達「人道考量同意入境」、「法律責任依法處理」、「叛逃行為嚴予譴責」等處理原則，林毅夫現既依法由國防部高等軍事法院檢察署通緝中，他若到案應由軍法機關依法辦理，且他涉犯的「投敵」罪嫌牽涉國家忠誠的軍人核心價值，在處理上絕無模糊空間。
依陸海空軍刑法第二十四條規定：「投敵者，處死刑、無期徒刑或十年以上有期徒刑。」
官居中國要職的林毅夫多次表達返台立場，高華柱曾多次在立法院答詢時表達嚴正立場。
高華柱說，林毅夫是違犯陸海空軍刑法的「投敵罪」，而且是繼續犯，如果林毅夫返國，國防部將以「現行犯」處置，須接受法律制裁。軍人武德及對國家忠誠的認同是最為重要的，若這個原則改變了，軍人對國家忠誠的認同就會產生問題。
他還說，民進黨執政時期，民國九十一年時，行政院曾同意林毅夫返台奔喪，時任國防部長湯曜明曾明確表達要依軍法處理的決心，這個立場始終沒有改變過；高華柱更說：「國防部既然可以抗民國九十一年時政府的壓，也可抗一百零一年政府的壓。」