◎享譽國際 各界推崇
2009年9月出任國防部副部長的楊念祖將於8月1日接下國防部長重任，讓這位過去以研究解放軍及區域安全享譽國際的學者，成為馬總統任內首位接掌國防部的文人首長。對於這項人事任命，學界及軍方多半給予高度肯定。
1980年代末期就與楊念祖相識的國防部前副部長、也是陸委會前第一副主委林中斌表示，20多年前楊念祖就與楊日旭教授成立了台灣第一間研究解放軍的智庫「中華民國高等政策研究協會」，成為國際間少有的研究解放軍的單位，而且每年都有出版，美國跟英國許多智庫都對他相當肯定。因此他認為楊念祖是最好的一位文人部長人選。
林中斌說：『(原音)楊念祖副部長他不只是軍事，在對於中國大陸的了解，跟美國的了解，他也有很深的基礎。以前他在學者的時代，常常去中國大陸；而且他跟美國的學者、官員互動也非常良好。所以我認為從這方面來看，他的資格是沒有話講，可以說是最好的一位文人部長的人選。』
國家政策研究基金會政策委員、海軍退役將領蘭甯利將軍也推崇楊念祖是能站在國家戰略高度、甚至超過國家戰略高度觀察問題的專家；加上他與美國的智庫及國會都有深厚的關係，也是享譽美國及亞太地區的學者。由他來接掌國防部，不僅能夠帶領國軍走向現代化；也能讓國軍走出去，在區域安全扮演一定的角色。
蘭甯利說：『(原音)那麼我覺得他來接國防部啊，他會使這個國防部啊，整個未來的這個走向會更現代化；當然這也因為他個人對於整個亞太地區的這個區域安全問題啊，他有非常獨到跟深入的了解，所以他也會讓這個國軍哪今後能夠走出去，或者跟其他的這個區域安全這一部分哪，能有所掛勾。』
◎質疑聲浪 毋須憂慮
儘管各界對楊念祖接掌國防部多半給予高度肯定，但也有人質疑楊念祖並非軍人出身，台海間如果發生軍事衝突，應變能力恐怕不如軍旅出身的部長；有人也擔憂，當初楊念祖接掌國防部副部長時，主要負責對美智庫及軍購等事務，對實際的軍令、軍備及軍政工作並不熟悉，將來恐怕「令不出部長辦公室」。
對於這些疑慮，蘭甯利認為並不令人意外。由於外界對軍中的制度跟文化不是很了解，事實上國防部長並不管作戰，只要從國家安全或者區域安全的角度向總統建議，要不要採取軍事行動即可；至於怎麼作戰，是參謀總長的事情。至於說 「令不出部長辦公室」的人，更是對國防部整個體制完全不了解。事實上，在國防體制當中，只要部長下一個指示，底下馬上就要做成分辦表，由專門的單位來督導每個禮拜的進度，因此不可能如外界想像說「政令不出部長辦公室」，這是絕對不可能的事情！
蘭甯利說：『(原音) 不可能像外面的人想的說，政令不出部長辦公室，這絕對不可能的事情！假設有這話的人哪，那是百分之一百的外行啊！絕對大家不要擔心這個事情，這是不可能的。那麼現在來講，這軍隊國家化，已經確實落實了軍隊國家化；軍隊裡面也沒有任何政黨的因素，甚麼因素都沒有。它就是唯命是從，大家就聽部長的，部長要他們幹甚麼，他們就幹甚麼，就是這麼回事。』
◎文人部長 艱鉅挑戰
不過，就算對這些質疑不用過慮，身為馬總統任內首位接掌國防部的文人首長，楊念祖仍需面對不少的挑戰。其中最大的挑戰就是：文人部長帶領的文人團隊，人很少；這使得楊部長要推動任何改革，都必須非常依賴原來的軍人。
林中斌說：『(原音)他將面臨的挑戰是：文人部長所帶的文人團隊人很少。所以這個是對楊念祖部長最大的一個限制，他必須要非常依賴原來的軍人。可是以軍人的背景，他的眼光、他的接觸、他的觀念，很多地方是受到限制，因為他們在一個很固定的環境裡面起來的。所以這個是對楊念祖部長最大的一個挑戰。』
林中斌指出，美國的國防部長，不要說其他的次長，還有助理部長、副助理部長等上百人，都是他任命的，也都是文人；但是我們的國防部長任命的文人很少，辦公室也只有10個人左右；而美國的國防部長辦公室就有25個文人是他任命的。因此這也成為楊部長很大的限制。
但是，由於楊部長本身具有新的觀念，副部長任內也大幅地提升了國軍對現代化戰爭、世界局勢及對解放軍的了解；加上楊部長做人非常中肯、謙虛、客氣，從來不擺架子。因此林中斌認為，將來楊部長在跟民間溝通方面，不會亞於任何一位官員，只要給他時間，他必定會為國軍帶來新的氣象；而台灣的區域安全穩定，也會在熟悉解放軍、並與美國國防部及國務院關係良好的楊部長任內，開啟歷史的新頁。