原本外界就預期，在馬英九連任黨主席、為明年七合一選舉展開布局之際，就會逐步展開府院人事重整，但洪仲丘案卻讓這波人事異動平添變數，甚至演變成一場空前的政治危機。民眾第一次包圍國防部，已讓三軍統帥臉上無光，不可能容忍第二次包圍或更大規模示威的發生；而本應表決核四公投、討論服貿協議的立院臨時會，焦點也全被洪仲丘案轉移。遑論馬英九為接下來施政安排的一切舖陳，都可能因洪案而大打折扣。
更重要的是，馬英九將在下周末出訪，第一次以元首身分造訪紐約，預計對台灣加入ＩＣＡＯ、兩岸關係前景，以及台灣對世界和平的願景做出表述。各項政治戲碼登場在即，實不容再橫生枝節。於是撤換國防部長，不只是總統遠行前的待辦事項，更是為他回國後的新一波施政布局清理戰場。
相關黨政核心人士透露，早在高華柱因洪案請辭之際，國防部長異動即已成定案，儘管府方認為查明真相應該先於人事調整，但面對輿論傳言四起、派系放話不斷、軍內人心浮動，馬英九決定快刀斬亂麻，火速定案公布，消弭軍中內部因卡位爭鬥四起的流言蜚語。
同樣的邏輯，面對府院積極推動自由貿易協調洽簽，兩岸服貿協議中，台灣明明在金融開放獲益最多，然而國內業界非但未能領會，更對金融市場自由化的遲滯怨言不斷。馬英九認定，主要責任就在金管會；若還把絆腳石當做剎車，勢必折損金融開放利多，「陳下曾上」的安排，就此決定。
不過，意在止謗的人事調整，能否緩解民怨猶待觀察；為貫徹施政理念，馬英九必須在人事布局上要更有遠見與魄力。倘若後續還有第二波、甚至第三波的首長異動，範圍將擴及外交、國安，更影響明年七合一選舉成敗，馬英九就理應以大破大立的用人格局，讓民眾從府院人事感到鮮明的改革決心，才能在剩下的兩年多任期中貫徹施政理念。