陸軍542旅義務役下士洪仲丘遭虐死案，不僅引發家屬震驚，社會大眾對於軍方的黑暗也是飽受批評，直呼軍中毫無人權可言。家屬認為洪仲丘遭長官的不當凌虐，才會讓他枉送性命。馬英九總統指示，有關法律制度面，將分兩階段處理。其中涉嫌凌虐部屬的部分，將移出軍法審判，並盡速請立法院通過修法。
馬英九日前前往台中，探望洪仲丘家屬，並承諾盡速給家屬事實真相，同時要求國防部在26日提出檢討報告。國防部長高華柱在下午向馬英九報告，共提出軍法改革等13個面向，其中包括將修法限縮軍事審判的範圍。
行政院政務委員羅瑩雪表示，關於法律制度面，總統指示分兩階段處理。其中在《陸海空軍刑法》中的「凌虐部屬」部分，將從軍法中移除，改由一般司法審判；第二階段則因牽涉範圍較廣，各界對於軍法和民事訴訟的區分仍有不同意見，有的認為二元合一、有的認為是維持雙軌，這方面仍須廣納各方意見後評估。