馬英九總統26日下午聽取國防部保障人權改革方案，總統府發言人李佳霏轉述，總統表示，有關軍法改革問題，包括非戰時軍人犯罪是否要回歸司法偵辦，因至關重大，且涉及軍事審判法、陸海空軍懲罰法等制度改革事項，請行政院與立法院、司法院討論，共同以審慎態度研究修法。
另外，政府也回應司法院前院長賴英照的建議，由行政院政務委員羅瑩雪成立專案小組，針對軍中的申訴制度及其相關的禁閉制度進行行政指導，今天也與立法院進一步溝通與合作。
至於「禁閉、悔過、管訓」機制是否要廢除？總統認為這部分宜參考美國、英國、日本、新加坡等國做法，整體考量。總統並希望國防部儘快公布改革方案，回應社會的期待。李佳霏：『(原音)馬總統認為，今天國防部提出的改革方案只是初稿，必須要用最快的速度供諸於大眾，作為大眾討論的基礎；國軍也務必要以最大的誠意和透明度，來回應社會各界的期待。』
總統認為當前應鞏固內部軍心士氣，並鼓勵各級軍事首長多到部隊，讓基層官兵了解國防部改革的決心與用心。
對於洪仲丘家屬提出的意見，總統強調，政府一定會要求軍法機關與司法機關全力合作、儘速偵辦，一定要讓真相公諸於世，對洪家作清楚而完整的交代，還洪家一個公道。