由於內政部表示，苗栗縣府向張藥房收取搬遷屋內物件費用為3萬3千元，被大埔自救會與農民團體痛批說謊，並出示苗縣府公文載明「24萬2千元」的圖片證明。不過，內政部地政司副司長王靚琇則表示，24.2萬元是估計金額，實際執行的金額確實為3.3萬元，苗縣府也已發出公文通知。
內政部7月25日發出新聞稿「苗栗大埔拆遷戶需支付屋內物件遷移費用為3萬3000元」指出，大埔張藥房遭受強拆所需支付之執行費用為3萬3000元，非媒體報導之24萬2000元。針對內政部此項說法，苗栗大埔自救會、捍衛農鄉聯盟、台灣農村陣線則提出駁斥。
他們指出，關於強拆張藥房之執行費用，苗栗縣政府於7月3日發出公文予張藥房，明文記載「本案代履行執行所需費用：新台幣24萬2000元整，請台端負責繳交至台灣土地銀行苗栗分行－新竹科學園區竹南基地暨周邊地區區段徵收基金－」，他們批評內政部「竟睜眼說瞎話，公然說謊為苗栗縣政府塗脂抹粉，實在令人不齒」。
不過，地政司副司長王靚琇表示，苗栗現政府已於7月24日寄發公文給張藥局屋主彭秀春，內容載明實際執行費用為3萬3千元。
王靚琇解釋，依據行政執行法第29條規定，代履行的執行費用由執行機關估計，繳納數額與實際支出不一致時，退還其餘額或追繳差額，所以才會發生預估金額24.2萬與實際金額2.2萬元不同的情況。
台灣農村陣線研究員陳平軒則表示，全案的重點在於政府是否有權拆除人民房屋，而非拆除後的執行搬遷費用問題，苗栗縣府的作法只是轉移焦點。
他表示，苗栗縣府所謂的「代為搬遷」只是將大型家具搬到外面貨櫃存放，屋主其他的生活用品、包括彭秀春的嫁妝、手工藝品、照片與衣物等，都未處理，結果都被埋在被拆除的建物瓦礫碎片中，這算什麼搬遷。