大埔張藥房遭拆除後，還傳出苗栗縣政府向屋主彭秀春收取24萬餘元的拆遷費用，但內政部為苗縣府發新聞稿指出，縣府僅收取「代為搬移屋內物件所需費用」3萬3千元，並非報導之24萬2千元。不過聲援的農民團體則出示縣府公文指出，相關費用明文記載為24萬2千元整，痛批內政部公然為苗栗縣府說謊。
內政部7月25日發出新聞稿「苗栗大埔拆遷戶需支付屋內物件遷移費用為3萬3000元」一文指出，大埔張藥房遭受強拆所需支付之執行費用為3萬3000元，非媒體報導之24萬2000元。針對內政部此項說法，苗栗大埔自救會、捍衛農鄉聯盟、台灣農村陣線則提出駁斥。
他們指出，關於強拆張藥房之執行費用，苗栗縣政府於7月3日發出公文予張藥房，明文記載「本案代履行執行所需費用：新台幣24萬2000元整，請台端負責繳交至台灣土地銀行苗栗分行－新竹科學園區竹南基地暨周邊地區區段徵收基金－」，白紙黑字有圖為證（如圖），他們批評內政部「竟睜眼說瞎話，公然說謊為苗栗縣政府塗脂抹粉，實在令人不齒」。
另外，他們強調，關於本案徵收之程序，最高法院101年判字第953號判決已明白指出，內政部土地徵收審議會就本案之公益性、必要性等，未盡到實質審查之義務，僅僅流於形式，而有違法之瑕疵。內政部身為土地徵收之中央主管機關，卻未履行監督審查之義務，放任大埔四戶被苗栗縣政府暴力強拆，已是嚴重失職。
農團批評，內政部不僅未有絲毫反省自身失職之作為，試圖亡羊補牢，還蓄意以錯誤之資訊誤導大眾，公然說謊，在大埔四戶的傷口上灑鹽，「針對這樣的行徑，我們要表達最嚴厲的譴責與憤怒」。
農團呼籲，中央政府應面對爭議，不要再拿一些枝微末節轉移焦點，儘速回應大埔自救會「道歉賠償、地歸原主、徹查弊案、立即修法」四大訴求，「否則全國人民的怒火，必將持續延燒，直至拆除強盜政府」。