「日據」與「日治」說法爭議多時，總統馬英九和教育部7月中旬才剛表示，不應硬性規定使用哪一種說法；行政院22日卻發佈新聞稿，要求公文書統一使用「日據」一詞。
台灣教師聯盟秘書長郭燕霖指出，1895年日本是經由《馬關條約》合法占領台澎地區，至於現今執政的中國國民黨不但沒有任何條約依據，還是「逃難」至台灣；他強調，若馬政府真要強行規範公文書的用法，可試推沒有被日本統治的金門、馬祖，或是PRC都可。此外，他呼籲，身為本土政黨的民進黨，其所執政的6個縣市單位不應屈從行政院指令，否則違反創黨理念。
「日據是官方矯正用語」
「馬政府此舉是竄改歷史！」台灣教師聯盟副理事長吳麗慧表示，鑽研台灣史、現於台大歷史學系擔任教授的周婉窈去年5月曾於部落格發表《從「日治」到「日據」再到「日治」—一份中文所揭示的事實》，該文指出，「日據」並非研究者自發的用語，是「官方」矯正的用語。
周婉窈教授以一則刊登於《台灣省政府公報》1951年冬字第41期的新聞處公文，驗證日據為官方矯正用語的說法；該文內容為中央改造委員會特電轉請新聞處處長張彼德發佈，要求《公論報》、《國語日報》全省報社、通訊社及雜誌社，將蔚為世俗所用的「日治時期」改為「日據時期」，以維護國家民族意識。
周婉窈於文章中指出，中央改造委員會是1950年代初期國民黨黨內的核心組織，「一個國民黨內部組織的事情，交由台灣省新聞處來落實，是名副其實的以黨領政、以黨領國，所以戰後台灣是黨國統治。」周婉窈強調，「日治用法」早在戰後初期就出現了，之所以被禁用，就是因為當時的一只新聞處公文。
政院：維護國家主權
面對學者的用法呼籲，行政院發言人鄭麗文表示，為了怕日後公文往來混亂，行政院才會規定中央和地方機關統一使用「日據」，這部分僅限制於公文，教科書編撰則交由民間業者選擇。她強調，日治較為正統的說法是部分歷史學者的認知，但就維護國家主權與民族尊嚴上，行政院採用日據。