薛琦出席2013年當前國際經貿新情勢研討會發表專題演講說，他回答外界提問時，也多次為受到輿論壓力即將進入立院逐條審查的服貿協議辯護。
他反問現場與會者說，就當前台灣經濟與內需市場情況，大家在執著於政治問題的時候仍要想一會有一個大陸人想花600萬來台灣開麵攤嗎？他說，「大陸客要花600萬，還不如一家人來台灣自由行，不但不會有經營虧掉的風險還身心愉快」。
此外，他也特別引用大陸人民來台投資第8條所說，有三種情形可取消陸資投資包含：經濟上具有獨占、寡占或壟斷性地位。政治、社會、文化上具有敏感性或影響國家安全。對國內經濟發展或金融穩定有不利影響。
他補充，在上述法制管理基礎與邏輯理性思考，現階段服貿就是卡在政治問題，他完全不同意外界所說洽簽後台灣服務業與中小企業才開始面對高度競爭。
另外，在投資移民爭議方面，他則指出，全世界沒有看過一個國家會拘泥在一些奇怪的案例，雖然有看過中南美移民到美國去開計程車或洗衣店，但台灣並沒有開放中國大陸投資移民而是在WTO架構下的跨國企業內部人流動。
他補充，台灣投資移民方面，既有法規是外國人投資到一定額度才可以取得居留證，這前提是取得台灣公債3000萬且持有3年，但這跟服貿是兩件事情。服貿架構是必須經營事業才能取得居留證，且一旦事業倒閉或沒繼續經營事業就將被取消居留證。
他強調，特定人士特意關注政治因素可以說居心叵測，當政治、經濟擺在同一個天平上是老百姓的選擇，他相信老百姓的智慧遠高特定人士。