但他也說，「洪仲丘醫療處置沒有問題，問題是出在軍方一直隱瞞真相，浪費太多時間及資源」；此外，也沒有把病人當人看，看不到同理心，是事件發展中最令人難過的。
陸軍下士洪仲丘疑遭不當處分致死，醫療過程也引發關注。柯文哲說，洪仲丘當時體溫已經攝氏44度，送到天成醫院時並沒有說明是因操練過程導致，急診醫師將洪當成一般發燒情況處理，為了解病因做很多檢查，過程延遲比較久。
柯文哲指出，急救過程最重要的是找到病因、速戰速決，當時軍方沒有說明為何昏迷，因此需要透過檢查等過程找病因；若當時院方知道是因操練而昏迷，則應先降溫，而不是做一堆檢查。
「體溫44度，活不過2小時」」，他說，洪仲丘被送進天成醫院前體溫攝氏44度，轉出時仍有42度，送醫急救過程，未能確實降低體溫，後來三總安裝葉克膜，只是「假動作」。
他說，「洪仲丘的情況已經不好了，裝上葉克膜是死馬當活馬醫。」
若是換成由他急救，還是會裝葉克膜嗎?他說，「如果是我，我會勸醫療團隊不要裝，但不是每個醫師都能做得到，即使在台大醫院，也有10%葉克膜患者是無效醫療。」