原本1年可申辦2期的農地休耕補助，今年開始只能申請1期鼓勵農民轉作，而無論是在第1期或第2期辦理休耕，農民都必須統一在2月份申報時填寫轉作項目，未按照當初申報項目耕作，不但領不到獎勵金，就連次年的休耕申請資格，也會被取消，但有農民反應早早就得預估，實在很為難，也讓農地利用缺乏彈性。
依照農糧署調整耕作制度活化農地計畫認定基準，農民種植綠肥作物，1分地可以領取4500元獎勵金，輪作作物獎勵金為1分地2400元，但是如果沒有按照年初申請的項目執行，獎勵金的審核就有問題，農民就直言，提早半年填寫要轉作的項目，根本是在為難農民。
農民 曾啟尚：「這一塊田，我申報種植田菁、綠肥，因為今年覺得颱風特別多，雨水會比較多，我認為這塊田比較乾燥，我就調整種玉米和當初不一樣，像這樣的情形就是說，依照農委會的說法，你申報什麼就要種什麼，不可以調整。」
聲音來源 農糧署南區分署糧食產業組長 蘇宗振：「他(農民)因為天候的關係，有可能改變作物的種類，跟類別的話，我們有一個等於是授權縣市政府，它在這一個地區，給他們一個重新補申報的時間點。」
美濃區公所表示，今年5月1日到10日，已經開放給農民進行更改，但全區4000多戶農民中，目前還有40多戶，有領不到獎勵金的問題。
農糧署南區分署糧食產業組長 蘇宗振：「如果他不是按照他申報的，種植綠肥的作物，違反規定種其它作物的話，那就是直接判定不合格，當期作物不給予給付之外，我們還處罰，次年同期作的申報相關資格。」
有機農場經理 邱德森：「因為我們種的農作物全都在田裡，上天看得到，所以要騙誰，你若是用這種心態在看待農民，我認為這對天是過意不去。」
由於和往年辦理申報的方式不同，造成許多農民休耕審查不合格，甚至連次期申報轉作的資格都沒有，農民表示1分地4500元的金額看似不多，但是可以買肥料 做防疫用途相當大，他們也呼籲農政單位，應該做好告知每位農民的義務，讓農民權益不被犧牲掉。